PAN a établi cinq groupes de travail chargés d'élaborer des stratégies et de réaliser des actions visant à la réalisation de l'ensemble des objectifs stratégiques. Ces groupes de travail sont composés de deux ou trois membres issus de chaque région qui sont nommés par le Coordinateur Régional habilité. Chaque groupe de travail est animé par un Centre Régional et aborde des thèmes spécifiques.

1. Groupe de travail 1 : éliminer les pesticides les plus dangereux (PAN Amérique du Nord)
2. Groupe de travail 2 : génie génétique et pesticides (PAN Amérique Latine)
3. Groupe de travail 3 : souveraineté alimentaire des peuples et pouvoir des multinationales (PAN Asie Pacifique)
4. Groupe de travail 4 : alternatives durables aux pesticides (PAN Germany)
5. Groupe de travail 5 : monitoring communautaire des pesticides (PAN Afrique)